注：2014年8月に書いた記事で、その後いくつか有望なフリーフォントが公開されたということもあり情報は古くなっていると思います。そのうちそのあたりの情報についてもまとめてみたいと思っています。
電子書籍で使えるフォントの数はかなり限られています。
WordやPhotoshop等、多くのフォントが付属しているソフトウェアを持っていても、（ごく一部のフォントを除き）それらフォントの使用権は紙で印刷する場合に限られ、商用の電子配布に使えるライセンスになっていないからです。
パソコンにインストールされている多くのフォントは電子書籍の表紙デザインに使うことはできませんし、電子書籍の本文として（本文のフォントまで指定する人はあまり多くないと思いますが）収録することもできません。
電子販売に関わるライセンスの縛りは、紙への印刷に比べて大変厳しいということを覚えておいたほうがよいでしょう。 以下、電子出版で使用できるフォントについてまとめました。
フリーで使用できるフォントのオススメ
以下のフォントについては、電子書籍での使用に制限はありません。IPAフォント：フリーフォントの定番
Source Hans Sans(Japanese)フォント：AdobeとGoogleが共同開発したフォント。日本語名は源ノ角ゴシック。ライセンスはApache2.0。
うつくし明朝体：横書きで綺麗に見えるようデザインされたフォント。
Typing Art ／ タイピングアート：はんなりフォントは柔らかい感じがします。
Macユーザーの使えるフォント
Appleはユーザーが制約なくフォントを使えるべきだというポリシーがあるようで、（少なくとも）ヒラギノフォント・Hanzipen・Hannotateフォントについては電子書籍で使えます。Hanzipen・HannotateフォントについてはMavericks付属ですが、MavericksにアップデートしなくてもMacユーザーは使えるそうです。使用に一切の制限はないとのことです。
（アップルのカスタマーサポートに直接電話で確認しました）
注：OSXに付属しているこれらのフォントが電子書籍で使えるのであって、フォントベンダーで販売されているフォントはフォントベンダーと契約しないと使えません（OSX付属のモノとは細部が違うようです）。
一太郎付属のフォント
ジャストシステム社に使用条件を確認したところ、下記の一太郎プレミアム（2011〜2014）に付属のフォントは、（固定型であろうとリフロー型であろうと）電子書籍のJPG,PNG,GIFの画像データ（表紙や挿絵）に使用可能とのことです。詳細は、JustSystem製品の搭載フォント ご使用条件に記載されています（わたしは読んでもよく分からなかったので、問い合わせをして確認しました）。
字游工房フォントが電子書籍の画像（表紙や挿絵など）に使用可能です。
秀英体フォントが電子書籍の画像（表紙や挿絵など）に使用可能です。
ヒラギノフォントが電子書籍の画像（表紙や挿絵など）に使用可能です。
「リュウミン for 一太郎」及び「新ゴ for 一太郎」が電子書籍の画像（表紙や挿絵など）に使用可能です。
フォントベンダーとの年間契約
より安いフォントパックが売られていたり、雑誌にフォントが付属していることもありますが、パソコンからの印刷が認められているだけで電子書籍で使えない場合がほとんどです。ある程度フォントを自由に選ぼうとしたら、結局年間契約することになるだろうと思います。・モリサワ：最大手フォントベンダー
１年間の契約パッケージ
・ダイナコムウェア
１年間の契約パッケージ。電子書籍で使用する際には、DynaSmartに加え、別途電子書籍向け年間ライセンスへの加入（TrueType Font:25000円、OpenType Font:10000円）が必要になります。
・フォントワークス
LETSという年間契約オプションを結ぶ必要があります。入会金31500円。年会費37800円
※価格や契約条件は変動することがありますので、各フォントベンダーのサイトで詳細をご確認ください。
以下、追加情報
Photoshopだと、小塚系フォント、りょうフォントなどがごく一部の日本語フォントが電子書籍でも使えたと思います。
— 天川風水「伯爵家女中伝」１・２巻発売中！ (@TenkawaFusui) 2014, 8月 22
表紙などのデザインに使うなら、逸筆市場で売られているフォントを使うという手もあります。 白舟書体など数多くのフォントが、10文字まで2000円と文字数単位で購入できます。 http://t.co/RTf7bULdpE
— 天川風水「伯爵家女中伝」１・２巻発売中！ (@TenkawaFusui) 2014, 8月 22
井上デザインさんでも（かなり個性的なフォントが）１フォントあたり3240円で売られています。 http://t.co/Qrd9hNBHM4
— 天川風水「伯爵家女中伝」１・２巻発売中！ (@TenkawaFusui) 2014, 8月 22